どのような医薬品にも主作用と副作用が存在しAGA治療薬もその例外ではありませんが薬の種類によって発現しやすい副作用の傾向や注意すべきリスクが異なるため正しい知識を持って安全管理を行うことが不可欠です。まずフィナステリドやデュタステリドといった５アルファ還元酵素阻害薬の場合最も懸念されるのは性機能に関する副作用です。具体的には性欲減退や勃起不全射精障害などが報告されておりこれらは男性ホルモンの代謝に影響を与える薬の作用機序に関連しています。発生頻度は数パーセント程度と高くはありませんが妊活中の男性やパートナーがいる男性にとっては深刻な問題となり得ます。また稀に肝機能障害を引き起こす可能性があるため服用中は定期的な血液検査を行い肝臓の数値に異常がないかを確認することが推奨されます。さらにこれらの薬剤は皮膚から吸収される性質があるため妊婦や妊娠している可能性のある女性が触れることは禁忌とされており錠剤を割ったり粉砕したりしないよう厳重な管理が必要です。一方ミノキシジルの場合内服薬では循環器系への影響が最大の懸念事項となります。血管を拡張させる作用があるため血圧低下や動悸息切れむくみといった症状が現れることがあり心臓に持病がある人や血圧が不安定な人は使用を避けるか慎重に投与量を調整する必要があります。またミノキシジル特有の副作用として多毛症があり髪の毛だけでなく腕や脚背中など全身の体毛が濃くなる現象が見られますがこれは薬が効いている証拠でもあり健康上の害はありませんが美容的な観点からはデメリットとなることもあります。外用薬のミノキシジルでは頭皮の痒みや発疹かぶれフケといった皮膚トラブルが主でありこれは溶剤に含まれるプロピレングリコールやアルコールが原因となることが多いです。また治療開始初期には初期脱毛と呼ばれる一時的な抜け毛の増加が見られることがありますがこれはヘアサイクルがリセットされ新しい髪が生えてくる準備段階で起こる生理現象であるためここで治療を中断せずに継続することが成功の鍵となります。